СУ ”Никола Й.Вапцаров’’ е пряк наследник на първото светско училище в Петрич, създадено от Елена Янева в Мартин махала през учебната 1904-1905 г. След Освобождението на града училището се премества до църквата “Св.Богородица” под името “Св.Св.Кирил и Методий”. Същото има филиали в кв. Дълбошница, което се обособява като I ОУ ”Кочо Мавродиев”.

С цел избягване на погърчването огромни маси българи от Беломорието създават нов квартал в Петрич – кв.Шарон, което налага построяването на нова сграда. Тази сграда е открита през 1949 г. И по политически причини училището е преименувано от “Св.Св.Кирил и Методий” във II ОУ ”Никола Йонков Вапцаров”. В края на 60-те години започва строеж на нова сграда,която е открита през учебната 1972-1973 г., където училището се помещава и до днес.

Директори в училището са били Методи Кръстев,Надежда Петрова, Христо Зиков, Цонка Чучулигова, Живко Тулевски. От учебната 2000-2001 г. училището е преобразувано в СОУ “Никола Йонков Вапцаров”.

От учебната 2016/2017г. училището е преименувано в СУ „Никола Й.Вапцаров“.